לראשונה זה עשרות שנים, לא נמצאה כל עדות לפעילות של לוטרות בעמק חרוד ובעמק בית שאן. כך עולה מסקר הלוטרות לשנת 2012, שנערך על ידי החברה להגנת הטבע, בשיתוף רשות הטבע והגנים. הלוטרה נמצאת בסכנת הכחדה במרבית אזורי התפוצה שלה בעולם, ובסכנת הכחדה חמורה בישראל. גודל האוכלוסייה בארץ מוערך בכעשרות בודדות. לדברי מנהל מרכז היונקים של החברה להגנת הטבע, ערן לוין, "נדלקה נורת אזהרה חזקה להמשך קיומן של הלוטרות בישראל".
עד לתחילת המאה העשרים היו נפוצות לוטרות בכל נחלי החוף בישראל - מגבול הלבנון ועד נחל שורק - וכן לאורך אגן הירדן ממקורותיו בצפון ועד לים המלח, כולל אגם החולה והכנרת. עמק בית שאן, עמק חרוד ועמק יזרעאל שימשו מסדרון אקולוגי חיוני של בתי גידול, המקשר בין אוכלוסיית אגן הירדן לאוכלוסיית מישור החוף. ואולם, בשנות ה-60 של המאה ה-20, חלה הרעה דרמטית במצבה של אוכלוסיית הלוטרה, כתוצאה מציד בלתי חוקי, זיהום קשה של נחלים ומקורות מים, ייבוש וניקוז של נחלים וערוצים זורמים ודריסה.
הלוטרה היא טורף ממשפחת הסמוריים, הניזונה מדגים, סרטנים, דו-חיים ובעלי חיים קטנים אחרים. היא מיטיבה לשחות וחיה בבתי גידול לחים. חשיבותה של הלוטרה מיוחסת להיותה "מין דגל", או "מין מפתח", כלומר - הימצאותה מצביעה על שלמות של מערכת אקולוגית. יש המתבלבלים בין הלוטרה לנוטריה, הדומה לה במקצת. הנוטריה היא מין פולש שהובא בעבר לארץ מדרום אמריקה, בניסיון להקים בישראל תעשיית פרוות. תפוצת הנוטריה גבוהה בהרבה מזאת של הלוטרה.
"היעלמות הלוטרות מצביעה על בעיה כללית", הסביר ד"ר עמית דולב, מעורכי הסקר ומי שעוקב אחר הלוטרות במשך שנים רבות. לדבריו, "הרבה מאוד מבתי הגידול הלחים שהיו בהם מים ודגים הלכו ונעלמו. כעת הולכים ונעלמים גם מקורות המים החלופיים, ובעיקר בריכות הדגים. הסקר הזה מציב מראה שמצביעה על פגיעה במערכת הטבעית. שיקום המערכת הטבעית אולי יצליח להציל את הלוטרה, אבל כמובן שגם אנחנו נצא נשכרים".
דולב הצביע לדוגמה על שיקום נחלים, כתהליך שיתרום לשיקום אוכלוסיית הלוטרות. לדבריו, שיקום הנחלים המזוהמים יאפשר קיום של דגים, וכך יגדל הסיכוי שהלוטרות ישובו לשם גם כן. תהליכים אלו יצביעו על שיפור במערכות הנחלים. לדבריו, תהליך כזה מתרחש ברבים מהנחלים באירופה ושם מקדישים לכך משאבים רבים. הוא מצביע על בלגיה כדוגמה למדינה בה מושקעים כיום תקציבי עתק כדי שאולי הלוטרה תשוב לשם.
סיבה נוספת לפגיעה האנושה באוכלוסיית הלוטרות היא דריסתן על ידי מכוניות בעת חציית כבישים. נוכח המצב השברירי של האוכלוסיה, כל דריסה מחדדת את חומרת האיום עליה. בקרוב יחל בעמק החולה פרויקט לבניית "מדפים" מתחת לגשרים קיימים, מתחתם יש זרימת מים חזקה, זרימה שעל פי ההשערה גורמת ללוטרות לצאת מערוץ הזרימה ולעלות על הכביש ולהידרס. במקביל, הוחל בהקמת גרעין רבייה של לוטרות בגן החיות התנ"כי.
